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collaborative end single bwa reads. With .bwt suffix or .64.bwt suffix. Burrows-Wheeler Aligner BWA is a program for aligning sequencing reads against a It first collects pairs of reads with both ends mapped with a single-end quality 20 or higher and then calculates median Q2 , lower and higher quartile Q1 and Q3. a read that maps to a single location in the genome) are sometimes preferred

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BWA is a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome, such as the human genome. It consists of three algorithms: BWA-backtrack, BWA-SW and BWA-MEM. The first algorithm is designed for Illumina sequence reads up to 100bp, while the rest two for longer sequences ranged from 70bp to 1Mbp.

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– Align with BWA-mem: 1. index: creates index of reference for fast look-up (needed to quickly access potentially very big FASTA files) 2. mem: perform alignment (produces SAM file) bwa index ref.fa # paired-ends bwa mem ref.fa r1.fastq r2.fastq > reads.sam # single reads (always use paired-end data if possible) bwa mem ref.fa reads.fastq

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BWA MEM for single or paired end reads and own genome - CSC

BWA assembler (19). Single-end reads with identical alignment positions were retained as most of them are derived from unique molecules (20). The resulting SAM output was further filtered by requiring not more than two mismatches and a minimum mapping quality score of 20. All bases with a quality score <20 were removed from the pileup file. Mitochondria-free (rho zero) cell line DNA from a

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